本作是为了纪念在1996年起末尾的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越罕有的试练后，武藤游戏与身段内的另一人格“暗游戏”住手最终决战并得胜，在作出正式死别后踏上各自的旅途。在经历一段时候后，游戏等人从新回回重大的生存。可是，一位自称蓝神的奥秘少年却出如今他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏磨灭的中央开掘“千年积木”并计划将其从新实现，试图再度复活暗游戏。