在地势险峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇宝贝凯尔迪奥（中川翔子 配音）跟随传说中的圣剑士克巴路欧（山寺宏一 配音）、泰利奇欧（安元洋贵 配音）、比利基恩（本田贵子 配音）修行，朝着圣剑士的目的继续努力自不量力的凯尔迪奥不听三位教员的忠告，贸然向龙系最强的神奇宝贝酋雷姆（高桥克实 饰）发起应战。及至交手时才发现自己远远不是酋雷姆的对手。关键时辰，三位圣剑士出现，为援救弟子而甘愿牺牲自己。伤痕累累的凯尔迪奥一蹶不振，恰巧遇见正在修业旅游中的小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真守 配音）和艾莉丝（悠木碧 配音）一行，而愤怒的酋雷姆也尾随而至。新的战役不测拉开序幕……