被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类弱小的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类中止复仇 　　曾经失掉了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练巨匠为目的而不时的旅游，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚终了了和训练家的对战，接着收到了一封微妙人的约请函，约请他们参与世上最强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的约请。他们很直爽的允许了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于抵达了新岛。一位叫乔伊的医生率领他们分开了宠物小精灵城，引见最强的宠物小精灵训练家出场。没想到出如今大家面前的居然是超梦。超梦的报复终究是什么呢，一场大战行将末尾......