故事的发作地是在一座名为星元市的小城市。　　在市内的狮子尾山上，屹立着一个闪耀着黑色光芒的庞大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事情发作之后就屹立在那里的“怪兽的角”。　　在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事情发作之后，怪兽灾祸末尾变得日常。日本的地球防卫队末尾以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾迷信调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾祸的发作和受灾状况扩展，不时对各地域中止迷信调查和避难引导。这个组织时至昔日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的缘由和城市中的“摩诺之角”。　　年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，他奇观般地生还并毫发无伤。以此为契机，“优马”踏上了研讨怪兽生物学的路途。虽然有着痛苦的过去...