该影片描述郭靖与黄蓉由结识至婚事节外生枝那一段故事。期间，亦有郭靖与欧阳克的恩怨，以及杨康认贼作父的经过。剧情承接上集，话说郭靖与黄蓉来到桃花岛，西毒已带侄儿欧阳克来向黄蓉求婚，黄药师以考试选婿，郭靖获胜得娶黄蓉为妻；但老顽童突说郭靖早知九阴真经一事，黄药师大怒，将郭靖等人赶出桃花岛；黄蓉追踪下，错落欧阳锋的船上……结局是黄蓉在轩辕台丐帮大会揭穿杨康的阴谋，与郭靖一起前往铁掌山探寻武穆遗书。本片剧情以原著故事为主干，主要讲述南帝与瑛姑的渊源。承接上集，丐帮君山大会后，郭靖和黄蓉为探寻武穆遗书而前往铁掌山。然而在探访中黄蓉不幸遭铁掌帮帮主裘千仞所伤，幸得隐居于黑泥沼的瑛姑指导，两人逐前往南帝段智兴处求医。在通过座下弟子的考验后，两人终见到南帝，始知本来其因后宫变故，悔伤前衍，而出家为僧，法号“一灯”。郭靖黄蓉两人得知前因后果后，决心助一灯大师抵抗瑛姑来袭。最后瑛姑得知其杀子仇人就是铁掌帮帮主裘千仞，集众人之力终将铁掌帮权势消灭。